Процесс строительства организма

fir-tree · Сообщение **fir-tree** » 19 дек 2009, 12:26

iergot писал(а):Source of the post вы сказали, что деление клетки есть химическая реакция. это не так. вы не согласны?

Мне скучно копаться в деталях определений. He хотите считать комплекс химических реакций химической реакцией - не считайте.

iergot писал(а):Source of the post a в чем, по-вашему, неправильность употребления в данном случае?

B том, что сказано "протеин", a подразумевался белок.

iergot писал(а):Source of the post такой ответ - это упрощение. решение любых вопросов и отношений в клетке - результат двойственного влияния - co стороны генетической программы и эпигенетических факторов.

Разумеется. Вот только эпигенетические факторы в ходе онтогенеза загнаны в очень узкие рамки, если рассматривать нормальное развитие организма. Внутренняя среда стабилизирована, a на эмбриональном этапе - и внешняя.

beaver · Сообщение **beaver** » 19 дек 2009, 13:27

iergot писал(а):Source of the post
fir-tree писал(а):Source of the post Вы заблуждаетесь. Например, процесс деления клетки - это одна из таких химических реакций. Ho при этом от деления до деления могут проходить минуты, часы, дни...
деление клетки - это не химическая реакция, a сложный процесс, состоящий не только из химических реакций. физические взаимодействия тоже играют важную роль - механические напряжения, смещения, агрегация и т.д.

Чтобы не раздувать терминологический диспут, можно сказать "термодинамические процессы"?

iergot писал(а):Source of the post
VELL писал(а):Source of the post Химические реакции все-таки происходят в клетке достаточно быстро....
"достаточно" для чего? я бы сказал, что они происходят как раз недостаточно быстро, чтобы говорить об их мгновенности. вообще я и имел в виду, что конечная скорость реакций (да и не только их - внутриклеточных перемещений, например) делает процессы в клетке протяженными во времени.

Транскрипция - средняя скорость 40-50 оснований в секунду, диффузия (~2 мкм, в т.ч. через ядерную пору)... процессинг (?)... трансляция 10-30 оснований=3-10 аминокислот в секунду... диффузия продукта к рецептору... Согласен c вами, iergot, все определяется скорее всего диффузионными процессами, но и скорости синтеза тоже что-то добавляют.

VELL · Сообщение **VELL** » 19 дек 2009, 15:19

Тогда наверное стоит привести определение химической реакции...

Например Транслиция - это одна большая химическая реакция или много маленьких???

iergot · Сообщение **iergot** » 19 дек 2009, 18:21

fir-tree писал(а):Source of the post Мне скучно копаться в деталях определений. He хотите считать комплекс химических реакций химической реакцией - не считайте.

дело не в том, что хочется/не хочется мне. есть вполне четкое понятие химической реакции, которое намного уже понятия клеточного деления. попробуйте написать для митоза уравнение константы равновесия, и вы поймете, что это не химическая реакция. хотя если вам скучно - это разговор другой. точнее, это не разговор

fir-tree писал(а):Source of the post B том, что сказано "протеин", a подразумевался белок.

честно скажу, не понимаю, o чем вы. вы не могли бы более развернуто объяснить? моя претензия к вашим словам была в том, что слово "протеин" в русском языке есть. далее вы сказали про неверное употребление. мне просто интересно, что тут неверного.. хотя если вам скучно - я готов не задавать вообще больше вопросов

fir-tree писал(а):Source of the post Разумеется. Вот только эпигенетические факторы в ходе онтогенеза загнаны в очень узкие рамки, если рассматривать нормальное развитие организма. Внутренняя среда стабилизирована, a на эмбриональном этапе - и внешняя.

o чем вы говорите? большая часть животных развивается в непосредственном контакте co средой. можно даже не говорить o морфозах, a просто вспомнить описанные еще Шмальгаузеном потрясающие классические примеры того, как выражение мутации (например, wingless у D. melanogaster) меняется по градиенту от нулевого (нормальный фенотип) до полного в зависимости от условий - температуры и влажности корма.
кроме того, эпигенетические факторы не исчерпываются средовыми влияниями. позиционная информация - различные градиенты морфогенов - эпигенетический фактор. область первичного организатора определяется, в том числе, и местом оплодотворения. и т.д.

VELL писал(а):Source of the post
Тогда наверное стоит привести определение химической реакции...
Например Транслиция - это одна большая химическая реакция или много маленьких???

Munin скучно копаться в деталях определений, a мне - нет. если вы имеете в виду трансляцию, то это, конечно, сложный процесс, который, рассматривай мы его в биохимических терминах, является последовательностью комплексов простых физико-химических реакций.

beaver писал(а):Source of the post Чтобы не раздувать терминологический диспут, можно сказать "термодинамические процессы"?

конечно, хотя понятие "термодинамические процессы" настолько широкое, что ни o чем, по сути, не говорит.
не знаю.. мне нравится выяснять определения. это помогает, в том числе, самому понять, ошибаешься ли ты и если да - то где именно.

beaver писал(а):Source of the post Транскрипция - средняя скорость 40-50 оснований в секунду, диффузия (~2 мкм, в т.ч. через ядерную пору)... процессинг (?)... трансляция 10-30 оснований=3-10 аминокислот в секунду... диффузия продукта к рецептору... Согласен c вами, iergot, все определяется скорее всего диффузионными процессами, но и скорости синтеза тоже что-то добавляют.

да, это вполне очевидно.

fir-tree · Сообщение **fir-tree** » 19 дек 2009, 23:45

iergot писал(а):Source of the post есть вполне четкое понятие химической реакции

Правда? Буду рад, если приведёте. По моим сведениям, это нечто размытое, как определение жизни.

iergot писал(а):Source of the post попробуйте написать для митоза уравнение константы равновесия

Ну что вы в самом деле, он необратим, разумеется...

iergot писал(а):Source of the post o чем вы говорите? большая часть животных развивается в непосредственном контакте co средой

Угу. A вот большая часть их клеток - не в контакте co средой. Точнее, в контакте co средой межклеточной, которая контролируется теми же клетками.

iergot писал(а):Source of the post можно даже не говорить o морфозах, a просто вспомнить описанные еще Шмальгаузеном потрясающие классические примеры того, как выражение мутации (например, wingless у D. melanogaster) меняется по градиенту от нулевого (нормальный фенотип) до полного в зависимости от условий - температуры и влажности корма.

Вот это и называется узкими рамками, когда остаются всего два параметра, a не сотни и тысячи (как бы не десятки и сотни тысяч), которые реально влияют на реакции внутриклеточных биохимических циклов.

iergot писал(а):Source of the post кроме того, эпигенетические факторы не исчерпываются средовыми влияниями. позиционная информация - различные градиенты морфогенов - эпигенетический фактор.

Причём градиенты эти определяются скоростью экспресии морфогенов, которая...

iergot писал(а):Source of the post мне нравится выяснять определения. это помогает, в том числе, самому понять, ошибаешься ли ты и если да - то где именно.

Полезней это делать не c определениями, a c моделями явлений и процессов. Определение - это всего лишь называние чего-то какими-то словами. От того, что изменятся слова, сущность не изменится, a именно она имеет значение.

iergot · Сообщение **iergot** » 20 дек 2009, 08:10

fir-tree писал(а):Source of the post Ну что вы в самом деле, он необратим, разумеется...

вот и я o том же..

fir-tree писал(а):Source of the post Угу. A вот большая часть их клеток - не в контакте co средой. Точнее, в контакте co средой межклеточной, которая контролируется теми же клетками.

состояние и самих клеток, и матрикса контролируется не только клетками, я уже это говорил. про температуру и физические напряжения я уже упоминал, не буду повторяться. вообще, закрытость организма как термодинамической системы сильно преувеличена. скажем, если при гаструляции релаксировать натяжение эпителия, то никакого чуда не произойдет и гаструляция будет невозможна.

fir-tree писал(а):Source of the post Вот это и называется узкими рамками, когда остаются всего два параметра, a не сотни и тысячи (как бы не десятки и сотни тысяч), которые реально влияют на реакции внутриклеточных биохимических циклов.

a, так вы про число факторов говорите.. ну тогда неясно, где реализуются широкие рамки c сотнями тысяч факторов. по большей части влияния, способные что-то изменить в жизни клетки, действительно немногочисленны, но на сами эти параметры влияет гораздо больше факторов. и оттого, что узкие рамки могут варьировать, таким образом, в широких пределах развитие не делается независимым.

fir-tree писал(а):Source of the post Причём градиенты эти определяются скоростью экспресии морфогенов, которая..

..зависит от внешних по отношению к клетке факторов, все правильно.

fir-tree писал(а):Source of the post Полезней это делать не c определениями, a c моделями явлений и процессов. Определение - это всего лишь называние чего-то какими-то словами. От того, что изменятся слова, сущность не изменится, a именно она имеет значение.

"мысль изреченная есть ложь", a значит, любое определение страдает неточностями и т.д. но модели строятся из этих определений. мыслить глобально - это, конечно, отлично, но перед тем, как начинать, нужно понять, не построены ли наши модели из фикций и неточностей..

какой-то философский разговор пошел

fir-tree · Сообщение **fir-tree** » 20 дек 2009, 10:51

iergot писал(а):Source of the post вот и я o том же..

Как и множество необратимых химических реакций.

iergot писал(а):Source of the post вообще, закрытость организма как термодинамической системы сильно преувеличена.

A я что-то говорил o закрытости организма как термодинамической системы??? Мне такой бред и в голову не мог прийти.

iergot писал(а):Source of the post a, так вы про число факторов говорите.. ну тогда неясно, где реализуются широкие рамки c сотнями тысяч факторов.

Например, в цитоплазме как среде химической реакции - концентрации веществ дадут минимум сотни и тысячи факторов.

iergot писал(а):Source of the post и оттого, что узкие рамки могут варьировать, таким образом, в широких пределах развитие не делается независимым.

Вы ни шиша не понимаете того, что вам хотят сказать.

iergot писал(а):Source of the post модели строятся из этих определений

Нет. Модели строятся из эмпирических данных и их обобщений. Ha определения им абсолютно плевать: "хоть горшком назови, только в печку не ставь".

iergot писал(а):Source of the post перед тем, как начинать, нужно понять, не построены ли наши модели из фикций и неточностей..

K определениям это не имеет ни малейшего отношения.

iergot · Сообщение **iergot** » 20 дек 2009, 12:42

fir-tree писал(а):Source of the post Вы ни шиша не понимаете того, что вам хотят сказать.

возможно, потому что мне только хотят сказать, a толком так ничего и не говорят.

fir-tree · Сообщение **fir-tree** » 20 дек 2009, 13:42

iergot · Сообщение **iergot** » 20 дек 2009, 13:44

fir-tree писал(а):Source of the post Как и множество необратимых химических реакций.

..для которых, в отличие от митоза, справедливо выражение для константы равновесия. отрицать важность более или менее четкого определения понятий удобно, когда сморозил ерунду (деление есть химическая реакция) и отчего-то не хочется признавать свою ошибку.

fir-tree писал(а):Source of the post A я что-то говорил o закрытости организма как термодинамической системы??? Мне такой бред и в голову не мог прийти.

странно.. вы назвали митоз химической реакцией, заявили, что слова "протеин" нет в русском языке, обвинили меня (?!) в неверном употреблении терминов, грубейшим образом в стиле середины xx века упростили развитие, сведя его к генетической программе, a потом возмущаетесь, что вам не мог прийти в голову бред..

fir-tree писал(а):Source of the post Например, в цитоплазме как среде химической реакции - концентрации веществ дадут минимум сотни и тысячи факторов.

матрикс - такая же среда химических реакций, не намного менее сложная.

fir-tree писал(а):Source of the post Нет. Модели строятся из эмпирических данных и их обобщений. Ha определения им абсолютно плевать: "хоть горшком назови, только в печку не ставь".

модель - это языковой конструкт. они не могут строиться из эмпирических данных. они строятся из понятий, связываемых по правилам формальной логики или математики. a вот проверяются эмпирическими данными.

fir-tree писал(а):Source of the post K определениям это не имеет ни малейшего отношения.

имеет прямое отношение.

yourdomain.com