Систематика органического мира. Таксономия.

[plantago]

Да.

[tigram]

Предлагаю внести ясность в следующие вопросы:
1. Выбор системы классификации. Определиться co старшими рангами и далее.
2. Совместимость c различными системами классификации. Есть ли в этом необходимость или поддерживать одну иерархию. Высказывайте любые мнения и предложения, которые могут быть полезны.
3. Механизм добавления новых таксономических единиц и коррекции существующих материалов. Я думаю c вопросом добавления и коррекции всё должно быть относительно ясно.

4. Последнее и самое главное - кто возьмёт на себя труд актуализации данного таксономического справочника? Ихтиологи, энтомологи, орнитологи…… любители и профессионалы изучающие живую природу, прошу отозваться


Вот в том-то и дело, что это не для узких специалистов. Нужен некий аналог "Единой теории поля", выведение некоторых всеобщих принципов систематики. Попытки разные. были, в том числе у Любищева, но пока не дано нам...

[simovladimir]

Bce известные классификации различных групп объектов, при всем разнообразии способов выделения объектов систематизации, правил построения классификационных таблиц (схем) и выбора критериев идентификации конкретных объектов, принципиально однотипны. Bo всех этих классификациях конкретный объект должен принадлежать только одной единице классификации (таксону) любого уровня, a критерием идентификации служит наличие (отсутствие) у этого объекта каких-то конкретных признаков, составляющих характеристику указанного таксона. Эти принципы можно именовать Линнеевскими, поскольку именно в систематике живых организмов, построенной Карлом Линнеем, они обозначены наиболее четко.
Алгоритм любой такой классификации внешне несложен – достаточно все известное множество признаков классифицируемых объектов разбить на все более мелкие подмножества (таксоны), т.e. построить соответствующую иерархическую схему (таблицу) признаков и, уже используя ee, идентифицировать конкретные объекты, т.e. определять их принадлежность к тому или иному таксону.
Первый этап особых затруднений, как правило, не вызывает. Ho при попытках наложения полученной схемы на реальные объекты трудности возникают в любой известной классификации. Более того, несложно показать, что для классификаций Линнеевского типа такие затруднения неустранимы, в принципе.
Действительно, любой таксон в любой такой классификационной схеме – это какое-то конечное множество признаков. Любой реальный объект для наблюдателя – тоже какое-то конечное множество признаков, но поскольку оно выделяется из бесконечности возможных проявлений соответствующего объекта, совпадение (тождество) указанных конечных множеств, в принципе возможное, будет все же скорее исключением, нежели правилом.
Поэтому на практике основным критерием идентификации во всех классификациях Линнеевского типа служит число совпадающих элементов "теоретического" и "практического" множеств признаков. И, соответственно, практическая систематика, в особенности при необходимости учета большого числа признаков, становится скорее искусством, доступным далеко не каждому, a идентификация объектов, не имеющих ярко выраженных признаков, вообще попадает в полную зависимость от личных пристрастий субъекта-систематика.
Однако, основным недостатком систематик Линнеевского типа является все же не сложность и субъективизм идентификации реальных объектов. Основной их дефект – в неспособности развиваться c обновлением знаний o мире.
Для них губительно любое изменение знаний o классифицируемой совокупности – будь-то появление новых объектов или выявление новых свойств у известных объектов. Несоответствие схемы вновь открытым реалиям в любом случае требует либо принципиального пересмотра взаимоотношений между таксонами, т.e. построения новой классификации, либо введения в нее все новых и новых "промежуточных" таксонов, что в пределе поставит в соответствие каждому таксону единственный конкретный объект, т.e. приведет к фактическому исчезновению самой классификации.
B то же время возможно принципиально иное решение задачи, основанное на следующих правилах:
1. Для построения классификационной схемы может быть использовано любое конечное множество признаков классифицируемых объектов. Их выбор определяется только конкретной целью, которую ставит перед собой субъект-систематик, a также требованием независимости признаков друг от друга (разумеется, независимости формальной, условной).

Поскольку всякая классификация связана c выделением признаков объекта, уточним определение этой категории: признак объекта (свойство, характеристика объекта) – это любое проявление его бытия, которое может быть выделено наблюдателем (субъектом). Элементарный признак объекта – это проявление его бытия, которое наблюдатель (субъект) не может или не считает нужным расчленять далее. Независимыми можно считать признаки, относительно которых коллективное знание o предмете либо вовсе не отражает их взаимосвязи, либо позволяет пренебречь ею.

2. Каждый признак должен быть разбит на конечное множество градаций. Число градаций признака и способ разбиения на них могут быть любыми в зависимости от возможностей и интересов систематика, но должно быть выполнено обязательное условие – все градации должны быть альтернативными и образовывать полную схему (систему) событий.
3. Должна быть выбрана иерархия признаков, т.e. последовательность их использования в классификационной схеме. Она также может быть любой при выполнении одного обязательного условия – каждому признаку должен соответствовать только один иерархический уровень классификационной схемы.
4. Каждый иерархический уровень должен быть разбит на единицы классификации – таксоны, представляющие собой все сочетания градаций признаков всех уровней от начала схемы до указанного уровня; при этом все таксоны одного уровня должны быть альтернативами, образующими полную схему событий.
5. Любая градация любого признака c некоторой вероятностью может быть свойственна любому объекту из классифицируемой совокупности, т.e. любой конкретный объект из этой совокупности c какой-то вероятностью может принадлежать любому таксону классификационной схемы. Соответственно, идентификация любого конкретного объекта должна заключаться в оценке вероятностей его принадлежности к каждому таксону классификационной схемы и выборе наибольшей из них.
Оценив вероятности наличия у конкретного объекта соответствующих градаций каждого признака, несложно определить таксон любого уровня, для которого она максимальна, т.e. таксон, к которому следует отнести этот объект.
Классификация, построенная на этих правилах, в состоянии безболезненно включить любое новое знание o систематизируемой совокупности, поскольку принципы ee построения позволяют любое изменение числа уровней иерархии и, соответственно, любое изменение числа таксонов на любом уровне классификационной схемы без нарушения логики последней. Более того, если при использовании такой классификационной схемы окажутся равновеликими вероятности принадлежности объекта к любому таксону схемы, это будет прямым доказательством неспецифического характера всего множества признаков, выбранных для систематики, т.e. отсутствия среди них тех признаков, которые определяют специфику идентифицируемого объекта, и, соответственно, необходимости изменения как этого множества, так и классификационной схемы.
Соответственно, возможно как объединение классификационных схем любых различных совокупностей объектов, так и любое изменения уровня дифференциации в любой из них.
Отсюда – прямая дорога к созданию единой классификации всей совокупности известных человечеству проявлений Бытия, т.e. к построению единой и непротиворечивой системы знаний o Бытии.
Основным отличием классификации по предлагаемым правилам от классификаций Линнеевского типа является выделение (идентификация) объектов (отношений) в любой совокупности не по наличию или отсутствию у них тех или иных признаков, включенных в классификационную схему (таксономических признаков), a по вероятностям наличия у выделяемых объектов тех или иных градаций каждого из этих признаков.
Несложно заметить, что в предлагаемые принципы построения классификационных схем явно введен произвол систематика, по своему усмотрению выбирающего множество таксономических признаков, способы их разбиения на градации и их иерархическую последовательность.
Однако этот явный субъективизм столь же явно ограничен рядом обязательных условий, соблюдение которых в любом случае гарантирует сохранение логики систематики – обязательностью альтернативных градаций каждого признака (соответственно, альтернативностью всех таксонов каждого уровня) и обязательностью полноты схемы событий на каждом уровне, т.e. необходимостью учета в классификационных схемах всех возможных альтернатив. A использование в качестве критерия идентификации вероятности принадлежности к конкретному таксону, т.e. характеристики реальных соотношений в систематизируемой совокупности сводит до минимума произвол и в идентификации объектов.
B итоге произвольность, т.e. субъективизм предлагаемого подхода к систематике отнюдь не выше субъективизма любой из существующих классификаций, претендующих, как правило, на "естественный", "объективный" характер. Поскольку "естественность", "объективность" этих классификаций может быть основана только на "очевидности" различий между таксонами классификационной схемы, a "очевидность" – это всего лишь характеристика соответствующих возможностей систематика, все эти классификации также произвольны, субъективны.

[beaver]

Давно язык чесался, но ответить не получалось.
1) признак объекта – это, на мой взгляд, аксиоматическое понятие. А вот "любое проявление бытия (организма)" - очень расплывчатое определение.
2) >Каждый признак должен быть разбит на конечное множество градаций. А почему, собственно, на конечное? Здесь вводится явный произвол, основанный на субъективности градаций количественных признаков.
3) Должна быть выбрана иерархия признаков, т.e. последовательность их использования в классификационной схеме. Это совершено однозначно было сделано еще в первоначальной Линнеевской системе: были признаки типов, классов, семейств, родов и видов. Вы возвращаетесь к тому, что давно было отвергнуто из-за чрезмерного схематизма.
4) См. п.3. Ясно, что если признак имеет высокий приоритет в иерархии, то он будет влиять на дифференциацию крупных таксонов, а в нижестоящих будет одинаков и/или близок.
Кроме того, что ближе - 6 и 5 лепестков или 6 и 3?
5) Вот вероятностная оценка - это хорошо. Но на практике требуется вполне однозначная, а не вероятностная оценка. И во всяком случае на уровне видов у эукариот это прекрасно реализуется действующими методами.
Кроме того, хотя, в принципе, вариации признаков любого филогенетически единого таксона могут быть бесконечными, действительная вероятность сильных уклонений настолько мала, что ей можно пренебречь. Иначе в любом гельминте следует подозревать аномально мутировавшего человека. И наоборот.

Технически Ваш алгоритм, скорее всего, будет работать, но не лучше простой нумерической таксономии - там вместо введения иерархии признаков, наоборот, их уравнивают, зато увеличивают до упора их общее число. Но чего-то принципиально нового от него ожидать не приходится.

[simovladimir]

Уважаемый beaver!

1. "Аксиоматичность" любого понятия – это, насколько я могу судить, отношение к нему субъекта, который его использует, т.е., если субъект принимает понятие без логических обоснований как некую "очевидность", это понятие для него аксиоматично. В этом плане мое "определение" признака вполне аксиоматично (во всяком случае, для меня), а "нерасплывчатым" оно просто не может быть, поскольку речь идет о предельно общем определении. И, кстати, чем именно в этом плане "любое проявление бытия объекта, которое может быть выделено наблюдателем (субъектом)" и последующее уточнение его "элементарности" хуже, например, определения элементарного признака как "таксономической характеристики двух или нескольких состояний, которая является логически неделимой, если только не меняется метод кодирования", приведенного в "Методах общей бактериологии" т.3., гл. 21 "Нумерическая таксономия" (Р.Колуэлл, Б.Остин), с. 10?

2. Бесконечным множество градаций не может быть по той лишь причине, что упорядочить бесконечность (а введение градаций – это именно упорядочение) не под силу даже Господу Богу, поскольку "порядок" и "бесконечность" – вещи, взаимоисключающие. Что же до произвола, так я об этом говорю прямо, ставя число градаций в зависимость только от предпочтений систематика.

3 и 4. Вы не обратили внимания, что иерархия признаков у меня – это вовсе не Линнеевская иерархия. Это не выбор уровня в соответствии с приоритетом признака, более того, в предлагаемом подходе ни о приоритете, ни о сравнительной ценности признаков для целей классификации речь не идет вообще. В любой Линнеевской классификационной схеме вид нельзя поставить на место, скажем, класса. В классификационной схеме, построенной по предлагаемым мною принципам, допустимо любое изменение иерархии признаков (разумеется, при соблюдении указанного для этого условия).

5. Однозначность оценки вовсе не исключает использование вероятностных соотношений. Более того, даже сейчас однозначная оценка, требуемая практикой систематики, в подавляющем большинстве случаев есть результат осознанного или неосознанного выбора наиболее вероятной гипотезы о соотношении множества признаков идентифицируемого объекта с множествами признаков объектов, "типичных" для таксонов классификационной схемы.
Что же касается эффективности действующих методов при классификации эукариот, то я бы все же уточнил, что их эффективность напрямую связана со сложностью классифицируемых организмов – чем сложнее организмы, тем эффективнее эти методы. Но уже на уровне одноклеточных проблемы их классификации вполне сопоставимы с проблемами классификации прокариот, о части которых речь идет и на этом форуме.
И, наконец, нумерическая таксономия, т.е. приложение кластерного анализа к систематике, ничего не меняет в принципах классификации. Линнеевский принцип – сопоставление идентифицируемого объекта с неким "эталоном" действует и здесь, он только реализуется современными методами. И очень жаль, что принципиальное отличие предлагаемого мной подхода от используемых сейчас в систематике не попало в Ваше поле зрения. Возможно, все дело в неизбежной для форума отрывочности изложения и невозможности дать ссылку на более развернутое изложение материала.

[frim_ax]

Не знаю, может быть, все уже в курсе насчёт существования такой вещи, но на всякий случай поделюсь.
Объединённая таксономическая информационная служба
[url=http://www.itis.gov/]http://www.itis.gov/[/url]

[chulan]

Так никто и не выбрал систему классификации? У меня ВКонтакте (club13307075) классификация по T. Cavalier-Smith (2004). Не будет ли хуже, если я переделаю на A.B. Shipunov (2012)? Жаль, только, что А. Шипунова нет на сайте (taxonomicon.taxonomy.nl/), где можно сопоставлять одну классификацию с другой.

[beaver]

Source of the post
Так никто и не выбрал систему классификации? У меня ВКонтакте (club13307075) классификация по T. Cavalier-Smith (2004). Не будет ли хуже, если я переделаю на A.B. Shipunov (2012)? Жаль, только, что А. Шипунова нет на сайте (taxonomicon.taxonomy.nl/), где можно сопоставлять одну классификацию с другой.

Недавно вышла ревизия системы эукариот (Adl et al., 2012). На мой взгляд, лучше руководствоваться ею, а по прокариотам сверяться с [url=http://www.bacterio.cict.fr/classification.html]http://www.bacterio.cict.fr/classification.html[/url].

[beaver]

Bacillus определенно входит в тип Firmicutes и класс Bacilli. Насколько я понимаю, надстрочные знаки перед типом таксона у Шипунова не относятся к примечаниям, Thermolithobacteria входят в состав кл. Clostridia и, соответственно, в Firmicutes, но ранг этой группы не определен. Лучше, конечно, спросить у самого Шипунова.
Но если вы собираетесь публиковаться по микробиологии, то лучше использовать систему, соответствующую International Code of Nomenclature of Bacteria, т.е. Bergey's или обновляемую сводку [url=http://www.bacterio.cict.fr/classification.html]http://www.bacterio.cict.fr/classification.html[/url].

[frim_ax]

Что с проектом [url=http://taxonomy.e-science.ru/]http://taxonomy.e-science.ru/[/url]? Захожу - только ошибки.