Как пользоваться банками геномов типа NCBI?

fdbfdg
Сообщений: 1
Зарегистрирован: 25 ноя 2014, 21:00

Как пользоваться банками геномов типа NCBI?

Сообщение fdbfdg » 26 ноя 2014, 16:55

Что именно мне нужно? Мне нужны данные секвенирования очищенные от ошибок, т.е. отдельные риды, а также собранные ассемблером из этих ридов последовательность контигов. Желательно что то не слишком длинное, в районе миллиона б.п., т.е. какие-то бактерии например. Я посмотрел несколько разных баз, везде как то либо отдельные сырые данные, либо отдельные собранные последовательности, не смог найти чего то в духе "Вот набор ридов, а вот как это правильно собрать".
 
Последний раз редактировалось fdbfdg 27 ноя 2019, 20:23, всего редактировалось 1 раз.
Причина: test

folk
Сообщений: 4177
Зарегистрирован: 11 сен 2009, 21:00

Как пользоваться банками геномов типа NCBI?

Сообщение folk » 02 дек 2014, 20:56

скиньте сюда какой то конкретный набор отдельных последовательностей и результат сборки - давайте вместе поглядим
Последний раз редактировалось folk 27 ноя 2019, 20:23, всего редактировалось 1 раз.
Причина: test

FREP
Сообщений: 7
Зарегистрирован: 21 июл 2010, 21:00

Как пользоваться банками геномов типа NCBI?

Сообщение FREP » 02 дек 2014, 23:34

Ura2007 писал(а):Source of the post Появилась потребность скачать ...
"Вот набор ридов, а вот как это правильно собрать"

Малосовместимый набор желаний.
Исходные риды (нефильтрованные и разной степени фильтрации) искать нужно тут:
The Sequence Read Archive (SRA) stores raw sequence data from "next-generation" sequencing technologies
 
Выбирать, что именно качать, нужно самостоятельно. Фильтровать за вас тоже никто не будет. Всё делаем собственными пальчиками и головушкой.
Основной же вопрос: -"Вот набор ридов, а вот как это правильно собрать?" требует еще больших усилий.
Азы учим на продвинутом курсе биоинформатики, а затем внимательно читаем мануал к какому-нить ассемблеру, например, Velvet.
Деталей и подробностей - не счесть. Если хочется ясности, формулируем вопрос точнее.
 
 
Последний раз редактировалось FREP 27 ноя 2019, 20:23, всего редактировалось 1 раз.
Причина: test


Вернуться в «Биология»

Кто сейчас на форуме

Количество пользователей, которые сейчас просматривают этот форум: нет зарегистрированных пользователей и 19 гостей