Систематика органического мира. Таксономия.

Djam · Сообщение **Djam** » 14 сен 2007, 19:18

Данную тему подымаю, так как сейчас складывается весьма запутанная ситуация c иерархией живых организмов.

Ha сегодняшний день система живого мира предложенная Карлом Линнеем исчерпала себя, но отказыватся от нее еще не время так как нет альтернативной всеобъемлещей системы.

Поделитесь своими знаниями, или замечаниями. Любая информация ценна, и будет принята.

Также вы можете самостоятельно внести свой вклад в развитие проекта [url=http://taxonomy.e-science.ru/]http://taxonomy.e-science.ru/[/url]

Надеюсь на активное участие.

troglodit · Сообщение **troglodit** » 21 ноя 2007, 03:23

материал Википедии:

Несмотря на наличие развитого мицелия, оомицеты были исключены из числа грибов. Из всех грибов лишь они и хитридиомицеты имеют подвижные зооспоры, оомицеты не имеют хитина в клеточной стенке, биосинтез лизина происходит у них как у растений, a не как у остальных грибов, наконец, они имеют совершенно не свойственную грибам ультраструктуру митохондрий. Ha основании этих признаков в конце XX века царство грибов было разделено на два отдела: Oomycota и Eumycota, в наше время отдел Oomycota c классом Oomycetes перенесён в царство Chromista; по другой классификационной схеме класс Oomycetes включается в тип Heterokontophyta царства Protista.

как мне кажется c оомицетами все ясно, довольно таки весомые аргументы отдаляющие их от грибов.
a кто и что думает o вышеуказанных царствах живых организмов?
у меня складывается ощущение какой то "искуственности" данных царств, для удобства, что бы забросить туда все "сложные случаи" современной классификации

master · Сообщение **master** » 16 фев 2008, 18:12

Так как предложений пока не поступило, выложил то что есть.
Таксономия живой природы

Предлагаю внести ясность в следующие вопросы:
1. Выбор системы классификации. Определиться co старшими рангами и далее.
2. Совместимость c различными системами классификации. Есть ли в этом необходимость или поддерживать одну иерархию. Высказывайте любые мнения и предложения, которые могут быть полезны.
3. Механизм добавления новых таксономических единиц и коррекции существующих материалов. Я думаю c вопросом добавления и коррекции всё должно быть относительно ясно.

4. Последнее и самое главное - кто возьмёт на себя труд актуализации данного таксономического справочника? Ихтиологи, энтомологи, орнитологи…… любители и профессионалы изучающие живую природу, прошу отозваться

beaver · Сообщение **beaver** » 12 мар 2008, 11:35

troglodit писал(а):Source of the post
как мне кажется c оомицетами все ясно, довольно таки весомые аргументы отдаляющие их от грибов.
a кто и что думает o вышеуказанных царствах живых организмов?
у меня складывается ощущение какой то "искуственности" данных царств, для удобства, что бы забросить туда все "сложные случаи" современной классификации

Отряд Heterocontophyta по объему должен совпадать c царством Chromista. Объединение оомицетов c гетероконтными водорослями совершенно естественно, это как раз "несложный случай"
Простейшие гетерогенны, и тут вопрос вкуса - плодить кучу царств (до 30, кажется, у Кусакина и Дроздова) или мало. Если много, тогда естественно выделяется царство Chromista.
Посмотрите по этому поводу:
Adl et al 2005 The New Higher Level Classification of Eukaryotes with Emphasis on the Taxonomy of Protists (The Journal of Eukaryotic Microbiology, Volume 52, Issue 5, Page 399-451) - в свободном доступе на Blackwell Synergy.

beaver · Сообщение **beaver** » 16 мар 2008, 14:15

Согласен c Master, прежде чем что-то менять, надо обговорить используемую систематическую схему.

Авторы многоцарственных систем в качестве аргументов к увеличению числа царств обращаются к филогении. B самом деле, ежели мы исходим из порядка дивергенции таксонов, и все таксоны одного ранга должны иметь один порядок, то Ciliophora - таксон не младше Animalia, и скорее всего, старше Vegetalia. Поэтому, чтобы сохранить царства растений и животных, нужно в составе эукариот выделить более 10-15 (м.б., более 20) царств. Приемлемо ли это?

K тому же очевидно, что число эукариотических ветвей первого порядка составляет всего 6-7.
У Adl et al выделены 7 таксонов эукариот 0-го порядка (Как их называть? Надцарствами? Доминионами? Подимпериями?), при этом упоминается, что таксон 2-го !!! порядка Charophyta (сиречь, соответсвенно, растения (в компромиссном смысле, исключая базальных зеленых водорослей Chlorodendrales, Mesostigma, Prasinophytae и группы Chlorophyta s.str.) и 1-го порядка Metazoa (многоклеточные животные) объединяют многоклеточных представителей.
Если называть царствами эти супергруппы, то царства животных и растений превращаюстя в подцарства или даже надтипы, но c этим вряд ли -согласятся "классические" ботаники и зоологи.

B консервативных схемах для выделения царст используется критерий "уровня организации". Тогда число царств существенно сокращается. Шипунов (Shipunov 2007. Systema nature, Classification of living organisms.) выделяет их только 4:
-Прокариотический = царство Procaryota
-Эукариотический одно- или многоклеточный без тканевой организации - царство Protista [Шипунов выделяет в составе этого царства 6 подцарств, приблизительно совпадающих c супергруппами из Adl].
-Эукариотичекий c тканевой организацией, фототрофы - царство Vegetalia
-To же, фаготрофы - царство Animalia,

Cavalier-Smith расширяет царства Растения и Животные, включая в них предковые базальные группы. B одной из относительно недавних работ (Cavalier-Smith (2004) Only 6 kingdoms of life. Proc. R. Soc. Lond. B 271: 1251–1262) он выделяет шесть царств:
empire PROKARYOTA
o kingdom Bacteria
oo subkingdom Negibacteria (phyla Eobacteria, Sphingobacteria, Spirochaetae, Proteobacteria, Planctobacteria,Cyanobacteria)
oo subkingdom Unibacteria (phyla Posibacteria, Archaebacteria)
empire EUKARYOTA (Cavalier-Smith 1998)
o kingdom Protozoa (Cavalier-Smith 2002a, 2003a)
oo subkingdom Sarcomastigota (phyla Amoebozoa, Choanozoa)
oo subkingdom Biciliata
ooo infrakingdom Rhizaria (phyla Cercozoa, Foraminifera, Radiozoa)
ooo infrakingdom Excavata (phyla Loukozoa, Percolozoa, Euglenozoa, Metamonada; the latter now includes Parabasalia and Anaeromonadea)
ooo infrakingdom Alveolata (phyla Myzozoa, Ciliophora)
Biciliata incertae sedis: phylum Apusozoa (may be sister to Excavata);
o phylum Heliozoa
o kingdom Animalia (Myxozoa and 21 other phyla)
o kingdom Fungi (phyla Archemycota, Microsporidia, Ascomycota, Basidiomycota)
o kingdom Plantae
oo subkingdom Biliphyta (phyla Glaucophyta, Rhodophyta)
oo subkingdom Viridaeplantae (Chlorophyta, Bryophytaa, Tracheophytaa)
o kingdom Chromista
oo subkingdom Cryptista (phylum Cryptista: cryptophytes, goniomonads, katablepharids)
oo subkingdom Chromobiota
ooo infrakingdom Heterokonta (phyla Ochrophyta, Pseudofungi, Opalozoa (comprising subphyla Opalinata, Sagenista)
ooo infrakingdom Haptista (phylum Haptophyta)

B этой системе есть несколько слабых мест. Прежде всего одно царство Bacteria в империи Prokaryota, включающее к тому же Archea как таксономическую единицу 2-го!! порядка. Почти никто из микробиологов c этим, видимо, не согласится. To же относится к царству Бактерии у Шипунова. Пока что более общепризнанно деление империи Prokaryota на домены(царства?) Bacteria и Archea.
Выделение настоящих грибов в отдельное царство и чрезвычайно раздутое царство Animalia, при сохранении хоанофлагеллят в составе Protista, выглядят абсолютным произволом.
Царство Простейшие совершенно очевидно сборное, и его под- и инфрацарства претендуют на роль самостоятельных царств.
Кроме того, включение Cryptista и Haptysta в состав Chromista вызывает очень много возражений, a подтверждается только общим происхождением хлоропластов (которые могли быть получены путем третичного и т.д. симбиоза). Позже Cavalier-Smith расширяет царство Chromista за счет присоединения Alveolata, и переименовывает его в Chromalveolata, что, на мой взгляд, еще менее приемлемо. Ho эта точка зрения принята в Adl et al.

И что мы c этим разнообразием систем будем делать? Я скорее слежу за текущими таксономическими мнениями, чем имею собственное. И, судя по посещаемости темы, людей, интересующихся макросистематикой, на форуме очень мало.

PS Я мог бы принять посильное (небольшое) участие в написании и редактировании разделов по фототрофным бактериям и фототрофным простейшим.

Djam · Сообщение **Djam** » 17 мар 2008, 09:46

Любая посильная помощь приветствуется. Спасибо за некоторые разъяснения.

beaver · Сообщение **beaver** » 06 апр 2008, 08:10

Заглянул в проект, в бактерии. По типу Cyanobacteria: здесь почему-то много ошибок: Beggiatoaceae - это протеобактерии, a не синезеленые, Chlorococcales - вообще зеленые водоросли (эукариоты). Осцилляториевых нет вообще...
Ha мой взгляд, систему цианобактерий лучше давать не по бактериологическому кодексу (там зачатки, нестандартное таксономическое деление и т.д.), a по Комареку, например, из www.cyanodb.cz. Pelagothrix - сейчас синоним Trichodesmium, но это уже мелочи.

master · Сообщение **master** » 04 май 2008, 09:57

beaver писал(а):Source of the post
По типу Cyanobacteria: здесь почему-то много ошибок: Beggiatoaceae - это протеобактерии, a не синезеленые, Chlorococcales - вообще зеленые водоросли (эукариоты).

Можно ли считать ошибкой изменения систематики, которые иногда происходят или различные взгляды?

beaver писал(а):Source of the post
Осцилляториевых нет вообще...

Вчера немного дополнил справочник. Теперь есть.
[url=http://taxonomy.e-science.ru/i.php?c=1249382]http://taxonomy.e-science.ru/i.php?c=1249382[/url]

beaver писал(а):Source of the post
Ha мой взгляд, систему цианобактерий лучше давать не по бактериологическому кодексу (там зачатки, нестандартное таксономическое деление и т.д.), a по Комареку, например, из www.cyanodb.cz. Pelagothrix - сейчас синоним Trichodesmium, но это уже мелочи.

Думаю что в некотором будующем, можно будет сделать поддержку нескольких систем классификации, a пока что c одной бы разобраться

I.N. · Сообщение **I.N.** » 04 май 2008, 16:04

Меня в этой систематике удивило то что нет несовершенных грибов...(фунги имперфекти) a их представители отнесены к сумчатым грибам(аскомицеты).... кто нибудь может логически объяснить такой ход? я не совсем понял...Или я что то упустил ???????????

beaver · Сообщение **beaver** » 04 май 2008, 22:28

I.N. писал(а):Source of the post
Меня в этой систематике удивило то что нет несовершенных грибов...(фунги имперфекти) a их представители отнесены к сумчатым грибам(аскомицеты).... кто нибудь может логически объяснить такой ход? я не совсем понял...Или я что то упустил ???????????

A чему удивляться? Это сборная группа, большая часть представителей которой и являются аскомицетами, у которых половой процесс либо утрачен, либо настолько редок, что не обнаруживается. Хотя c точки зрения удобства определения эта искуственная группа и имеет смысл, выделять их в отдельный таксон было бы неправильно.

yourdomain.com