То есть сделать свою папку и свои файлы, которые бы востанавливала
операционная система. Но как??
Создаете (руками) zip с паролем в который кладете все защищаемые файлы - желательно на другом носителе. Создаете (пишете скрипт или программу) которая обходит рекурсивно все ваши директории и для всех файлов открывает полностью считывает и записывает в индекс дату файла, размер, MD5 контрольную сумму и полное имя файла с директориями.
Далее ваша программа может запуститься и сделать еще один индекс через неделю скажем.
Далее сравнив индексы и контрольные суммы и даты вы найдете измененные файлы - далее нужно понять какие файлы и так должны меняться а какие нет - можно конечно вывалить весь список.
Далее у вас есть архив из которого эти файлы можно восстановить - можно даже сгенерить командный файл который это сделает (но надо учитывать что часть файлов можно восстановить только при загрузке с CD-ROM - Windows лочит открытые файлы)
И вообще иметь копию важных папок это не паранойя.. Но тут есть один момент - есть вирусы которые подменяют файл на исходный когда его читают - от такого вируса вам не избавиться перезаписью - но в архиве хотя бы оригинал сохранится
