вопрос к линуксоидам

[NT]

2 folk, Andrey Zykov
Может и ошибаюсь, но проверьте.
Мне кажется причина в том что компилация была выполнена на платформе 32-бит,
и все библиотеки тоже были приготовлены для 32бит платформы.

Отсюда и проблемы (у меня заинсталирована 64бит Линукс):
$ file solvmol.e
solvmol.e: ELF 32-bit LSB executable, Intel 80386, version 1 (SYSV), dynamically linked (uses shared libs), for GNU/Linux 2.6.8, not stripped

Для примера, с Firefox не имею проблем:
$ file /usr/lib64/firefox/firefox
/usr/lib64/firefox/firefox: ELF 64-bit LSB executable, x86-64, version 1 (SYSV), dynamically linked (uses shared libs), for GNU/Linux 2.6.18, stripped

[folk]

А вот в этом вопросе я не компетентен - всегда интересовала надежность и совместимость - поэтому всегда ставил 32bit систему. За исключением Solaris - там оба варианта библиотек сразу присутствуют. Но поскольку вы пускаете в эмуляторе - то проще поставить 32bit систему и не париться со всей бедой.
А какой лог при запуске - посмотреть бы? Что говорит ldd ./solvmol.e?

[NT]

Source of the post А какой лог при запуске - посмотреть бы? Что говорит ldd ./solvmol.e?

Да в том и дело - ничего:
# ldd ./solvmol.e
not a dynamic executable

Проба выполнения даёт такую ошибку:
# ./solvmol.e
bash: ./solvmol.e: /lib/ld-linux.so.2: bad ELF interpreter: No such file or directory
Очевидно, что такой библиотеки ld-linux.so.2 в каталоге /lib у меня нет.

[zykov]

Мне кажется, что проще собрать из исходников.
Когда я пробовал, там фортран выдал несколько ошибок на строки содержащие что-то вроде 'pg90'. Если эти места исправить под gfortran, то должно работать. (Могу в понедельник посмотреть.)

[folk]

На 32bit gentoo linux solvmol.e запускается но не находит libpgc.so - видимо это часть pgi_workstation которая кстати использует openmpi. Честно говоря сильно влом регистрироваться NT можете сюда кинуть libpgc.so 32 бита? Или вообщем все .so библиотеки оттуда.

[NT]

Source of the post NT можете сюда кинуть libpgc.so 32 бита?

Я скачивал под Линуксом. И оба раза система накрылась.
У меня сейчас нет этого пакета. А скачивать его 3 раз уже не охота. Сорри.

Я скачивал отсюда:

Source of the post
Да, у них в исходниках используются особенности PGF90, так что нужно его ставить.
Вроде отсюда можно скачать: Download Release 2013. Но видимо нужно регистрироватся.

[zykov]

laplas
Я тут покопался с исходниками и удалось собрать.
Вот последовательность действий:
1) В директории 'SolvMolCR/fftw-2.1.5' выполнить './configure'.
2) В директориях 'SolvMolCR/fftw-2.1.5/fftw' и 'SolvMolCR/fftw-2.1.5/rfftw' выполнить 'make' (должно быть без ошибок).
3) В директории 'SolvMolCR/code' удалить все '.o' и '.e' - выполнить 'rm *.o *.e'.
4) Там же отредактировать файлы 'deltaGdens.f', 'makefile', 'read.f90' - выполнить 'patch -p1 < patch.doc' используя патч-файл, который я добавил (файл: [img]/modules/file/icons/x-office-document.png[/img] patch.doc).5) Там же выполнить 'make'. Файл 'solvmol.e' должен собратся.Попробуйте, если он будет работать как надо.

[NT]

Andrey Zykov

Поставил CentOS 32 бит.
Всё сделал как описано выше.
Компиляция ОК, Запустил программу "solvmol" - вроде работает,

# ./solvmol.e

+-------------------------------------------------------+
| © 2008 Arizona Board of Regents acting for and on |
| behalf of Arizona State University ("ABOR"). All |
| rights reserved. This software is protected by the |
| copyright laws of the United States and international |
| treaties, may not be copied, reproduced, distributed, |
| sold or offered for sale without the express written |
| permission of the copyright owner, and is only for |
| academic, non-commercial use. No modifications or |
| derivations of this software are permitted under any |
| circumstances, and this software may not be incorp- |
| orated into any other software or other work. ABOR |
| shall not be liable for any actions taken in reliance |
| on use of this software. |
+-------------------------------------------------------+


Please enter the following as input for SolvMol:
**********************************************************************
Solute input filename (string)
Solvent input filename (string)
Main program output filename (string)
Input flag (0-xyz, 1-pdb, 2-L,T from prev. run)
Number of solvents (integer)
Inital Temperature in K (real)
Final Temperature in K (real)
Temperature Step in K (real)
Reference Temperature in K (real)
Structure Factor Param (0-PPSF, 1-File)
Nuclear structure Factor Param
If SF from file, for each Temp.:
---------------------------------
Number of k-points (integer)
SF filename (string)
Dielectric tempr derivative parameter
Stokes shift dynamics parameter

[NT]

2 Andrey
В двух словах - какова стратегия/логика построения "patch.doc" ?

[zykov]

Source of the post
2 Andrey
В двух словах - какова стратегия/логика построения "patch.doc" ?

Сначала фиксил исходники (в первую очередь 'makefile'), чтобы собралось.
Патчь просто получается 'diff -u <старое> <новое>'.
(Расширение 'doc', т.к. другие форум не хотел принимать при закачке.)