вопрос к линуксоидам

Аватар пользователя
NT
Сообщений: 3384
Зарегистрирован: 25 янв 2010, 21:00

вопрос к линуксоидам

Сообщение NT » 17 ноя 2013, 12:41

2 folk, Andrey Zykov
Может и ошибаюсь, но проверьте.
Мне кажется причина в том что компилация была выполнена на платформе 32-бит,
и все библиотеки тоже были приготовлены для 32бит платформы.

Отсюда и проблемы (у меня заинсталирована 64бит Линукс):
$ file solvmol.e
solvmol.e: ELF 32-bit LSB executable, Intel 80386, version 1 (SYSV), dynamically linked (uses shared libs), for GNU/Linux 2.6.8, not stripped

Для примера, с Firefox не имею проблем:
$ file /usr/lib64/firefox/firefox
/usr/lib64/firefox/firefox: ELF 64-bit LSB executable, x86-64, version 1 (SYSV), dynamically linked (uses shared libs), for GNU/Linux 2.6.18, stripped
Последний раз редактировалось NT 28 ноя 2019, 06:44, всего редактировалось 1 раз.
Причина: test

folk
Сообщений: 4177
Зарегистрирован: 11 сен 2009, 21:00

вопрос к линуксоидам

Сообщение folk » 17 ноя 2013, 19:46

А вот в этом вопросе я не компетентен - всегда интересовала надежность и совместимость - поэтому всегда ставил 32bit систему. За исключением Solaris - там оба варианта библиотек сразу присутствуют. Но поскольку вы пускаете в эмуляторе - то проще поставить 32bit систему и не париться со всей бедой.
А какой лог при запуске - посмотреть бы? Что говорит ldd ./solvmol.e?
Последний раз редактировалось folk 28 ноя 2019, 06:44, всего редактировалось 1 раз.
Причина: test

Аватар пользователя
NT
Сообщений: 3384
Зарегистрирован: 25 янв 2010, 21:00

вопрос к линуксоидам

Сообщение NT » 17 ноя 2013, 20:40

folk писал(а):Source of the post А какой лог при запуске - посмотреть бы? Что говорит ldd ./solvmol.e?

Да в том и дело - ничего:
# ldd ./solvmol.e
not a dynamic executable

Проба выполнения даёт такую ошибку:
# ./solvmol.e
bash: ./solvmol.e: /lib/ld-linux.so.2: bad ELF interpreter: No such file or directory
Очевидно, что такой библиотеки ld-linux.so.2 в каталоге /lib у меня нет.
Последний раз редактировалось NT 28 ноя 2019, 06:44, всего редактировалось 1 раз.
Причина: test

Аватар пользователя
zykov
Сообщений: 1777
Зарегистрирован: 02 ноя 2009, 21:00

вопрос к линуксоидам

Сообщение zykov » 17 ноя 2013, 21:23

Мне кажется, что проще собрать из исходников.
Когда я пробовал, там фортран выдал несколько ошибок на строки содержащие что-то вроде 'pg90'. Если эти места исправить под gfortran, то должно работать. (Могу в понедельник посмотреть.)
Последний раз редактировалось zykov 28 ноя 2019, 06:44, всего редактировалось 1 раз.
Причина: test

folk
Сообщений: 4177
Зарегистрирован: 11 сен 2009, 21:00

вопрос к линуксоидам

Сообщение folk » 17 ноя 2013, 23:00

На 32bit gentoo linux solvmol.e запускается но не находит libpgc.so - видимо это часть pgi_workstation которая кстати использует openmpi. Честно говоря сильно влом регистрироваться NT можете сюда кинуть libpgc.so 32 бита? Или вообщем все .so библиотеки оттуда.
Последний раз редактировалось folk 28 ноя 2019, 06:44, всего редактировалось 1 раз.
Причина: test

Аватар пользователя
NT
Сообщений: 3384
Зарегистрирован: 25 янв 2010, 21:00

вопрос к линуксоидам

Сообщение NT » 18 ноя 2013, 00:04

folk писал(а):Source of the post NT можете сюда кинуть libpgc.so 32 бита?

Я скачивал под Линуксом. И оба раза система накрылась.
У меня сейчас нет этого пакета. А скачивать его 3 раз уже не охота. Сорри.

Я скачивал отсюда:
zykov писал(а):Source of the post
Да, у них в исходниках используются особенности PGF90, так что нужно его ставить.
Вроде отсюда можно скачать: Download Release 2013. Но видимо нужно регистрироватся.
Последний раз редактировалось NT 28 ноя 2019, 06:44, всего редактировалось 1 раз.
Причина: test

Аватар пользователя
zykov
Сообщений: 1777
Зарегистрирован: 02 ноя 2009, 21:00

вопрос к линуксоидам

Сообщение zykov » 18 ноя 2013, 20:09

laplas
Я тут покопался с исходниками и удалось собрать.
Вот последовательность действий:
1) В директории 'SolvMolCR/fftw-2.1.5' выполнить './configure'.
2) В директориях 'SolvMolCR/fftw-2.1.5/fftw' и 'SolvMolCR/fftw-2.1.5/rfftw' выполнить 'make' (должно быть без ошибок).
3) В директории 'SolvMolCR/code' удалить все '.o' и '.e' - выполнить 'rm *.o *.e'.
4) Там же отредактировать файлы 'deltaGdens.f', 'makefile', 'read.f90' - выполнить 'patch -p1 < patch.doc' используя патч-файл, который я добавил (файл: [img]/modules/file/icons/x-office-document.png[/img] patch.doc).5) Там же выполнить 'make'. Файл 'solvmol.e' должен собратся.Попробуйте, если он будет работать как надо.
Последний раз редактировалось zykov 28 ноя 2019, 06:44, всего редактировалось 1 раз.
Причина: test

Аватар пользователя
NT
Сообщений: 3384
Зарегистрирован: 25 янв 2010, 21:00

вопрос к линуксоидам

Сообщение NT » 18 ноя 2013, 21:43

Andrey Zykov

Поставил CentOS 32 бит.
Всё сделал как описано выше.
Компиляция ОК, Запустил программу "solvmol" - вроде работает,

# ./solvmol.e

+-------------------------------------------------------+
| © 2008 Arizona Board of Regents acting for and on |
| behalf of Arizona State University ("ABOR"). All |
| rights reserved. This software is protected by the |
| copyright laws of the United States and international |
| treaties, may not be copied, reproduced, distributed, |
| sold or offered for sale without the express written |
| permission of the copyright owner, and is only for |
| academic, non-commercial use. No modifications or |
| derivations of this software are permitted under any |
| circumstances, and this software may not be incorp- |
| orated into any other software or other work. ABOR |
| shall not be liable for any actions taken in reliance |
| on use of this software. |
+-------------------------------------------------------+


Please enter the following as input for SolvMol:
**********************************************************************
Solute input filename (string)
Solvent input filename (string)
Main program output filename (string)
Input flag (0-xyz, 1-pdb, 2-L,T from prev. run)
Number of solvents (integer)
Inital Temperature in K (real)
Final Temperature in K (real)
Temperature Step in K (real)
Reference Temperature in K (real)
Structure Factor Param (0-PPSF, 1-File)
Nuclear structure Factor Param
If SF from file, for each Temp.:
---------------------------------
Number of k-points (integer)
SF filename (string)
Dielectric tempr derivative parameter
Stokes shift dynamics parameter
Последний раз редактировалось NT 28 ноя 2019, 06:44, всего редактировалось 1 раз.
Причина: test

Аватар пользователя
NT
Сообщений: 3384
Зарегистрирован: 25 янв 2010, 21:00

вопрос к линуксоидам

Сообщение NT » 18 ноя 2013, 22:02

2 Andrey
В двух словах - какова стратегия/логика построения "patch.doc" ?
Последний раз редактировалось NT 28 ноя 2019, 06:44, всего редактировалось 1 раз.
Причина: test

Аватар пользователя
zykov
Сообщений: 1777
Зарегистрирован: 02 ноя 2009, 21:00

вопрос к линуксоидам

Сообщение zykov » 18 ноя 2013, 22:12

NT писал(а):Source of the post
2 Andrey
В двух словах - какова стратегия/логика построения "patch.doc" ?

Сначала фиксил исходники (в первую очередь 'makefile'), чтобы собралось.
Патчь просто получается 'diff -u <старое> <новое>'.
(Расширение 'doc', т.к. другие форум не хотел принимать при закачке.)
Последний раз редактировалось zykov 28 ноя 2019, 06:44, всего редактировалось 1 раз.
Причина: test


Вернуться в «Computer Science»

Кто сейчас на форуме

Количество пользователей, которые сейчас просматривают этот форум: нет зарегистрированных пользователей и 4 гостей