yourdomain.com

Что именно мне нужно? Мне нужны данные секвенирования очищенные от ошибок, т.е. отдельные риды, а также собранные ассемблером из этих ридов последовательность контигов. Желательно что то не слишком длинное, в районе миллиона б.п., т.е. какие-то бактерии например. Я посмотрел несколько разных баз, везде как то либо отдельные сырые данные, либо отдельные собранные последовательности, не смог найти чего то в духе "Вот набор ридов, а вот как это правильно собрать".
 

скиньте сюда какой то конкретный набор отдельных последовательностей и результат сборки - давайте вместе поглядим

Ura2007 писал(а):Source of the post Появилась потребность скачать ...
"Вот набор ридов, а вот как это правильно собрать"

Малосовместимый набор желаний.
Исходные риды (нефильтрованные и разной степени фильтрации) искать нужно тут:
The Sequence Read Archive (SRA) stores raw sequence data from "next-generation" sequencing technologies
 
Выбирать, что именно качать, нужно самостоятельно. Фильтровать за вас тоже никто не будет. Всё делаем собственными пальчиками и головушкой.
Основной же вопрос: -"Вот набор ридов, а вот как это правильно собрать?" требует еще больших усилий.
Азы учим на продвинутом курсе биоинформатики, а затем внимательно читаем мануал к какому-нить ассемблеру, например, Velvet.
Деталей и подробностей - не счесть. Если хочется ясности, формулируем вопрос точнее.